Pentru că se temea ca Botezătorul ar putea învia dacă trupul ar fi fost îngropat alături de cap, regele Irod nu a dat ucenicilor decât trupul sfântului, care a fost îngropat în Sevastia. Capul a fost îngropat de Irodiada în curtea sa, la mare adâncime. Potrivit tradiției, Sfânta Ioana, femeia dregătorului lui Irod, este cea care a luat capul Sfântului Ioan Botezătorul din curtea Irodiadei și l-a îngropat la Ierusalim, în muntele Eleonului, într-un vas de lut. Aceasta e socotită prima aflare a sfântului cap. Capul Sfântului Ioan Botezatorul a fost prezent aici până în vremea Sfinților împărați Constantin și Elena. În anul 453, episcopul Uranie al Emesei l-a așezat în biserica din aceasta cetate. Aceasta este socotită a doua aflare a cinstitului cap al Botezătorului. În vremea luptei împotriva sfintelor icoane, capul Sfântului Ioan a fost îngropat la Comane, de unde a fost adus in Constantinopol, de către Sfantul Ignatie (860), în vremea împaratului Mihail. Aceasta este cea de-a treia și cea din urmă aflare a cinstitului cap.
