Sfântul Nicodim Aghioritul s-a născut în anul 1749 în orașul Naxos, situat în sud-estul arhipelagului Ciclade din Marea Egee.
Până la intrarea în monahism, s-a numit Nicolae Kallivurtzis. La vârsta de 16 ani este trimis la Smirna, pentru a deprinde învățătura dascălului Ierotei. Aici a învățat latina și franceza, devenind un bun cunoscător al Sfinților Părinți, al aghiografiei și sfintelor canoane.
La cererea vărului său, Episcopul Ierotei din Euripos, Sfântul Nicodim a scris «Manualul sfaturilor bune», sau «Paza celor cinci simțiri». El învață cum se poate dezrobi mintea (nous) de înlănțuirea plăcerilor simțurilor, pentru a-i permite înălțarea prin rugăciunea inimii la cugetările duhovnicești ale contemplației. Sfântul Nicodim a corectat și pregătit pentru tipar scrierile complete ale Sfântului Grigorie Palama, însă lucrarea a fost distrusă la Viena, în timpul războiului.
A trecut la cele veșnice pe 14 iulie, 1809. Tomosul de canonizare al Sfântului Nicodim Aghioritul a fost emis de patriarhul ecumenic Atenagora I împreună cu membrii Sinodului pe 31 mai 1955.